インテル® Cluster Studio 2012 Linux* 版

 

 

 

 

© 2010-2011 Intel Corporation.

 

無断での引用、転載を禁じます。

 

資料番号:323889-002JA

 

改訂:20111108

 

Web サイト:http://www.intel.com    

 

 

 

 

 

目次

著作権と商標について 4

2...................インテル® ソフトウェアのダウンロードと Linux* でのインテル® Cluster Studio のインストール  6

2.1       Linux* でのインストール.7

3...................Linux* でのインテル® Cluster Studio のアンインストール.35

4...................Linux* でのインストールのハードウェア要件.36

5...................Linux* でのシステム管理者のチェックリスト.38

6...................Linux* でのユーザーのチェックリスト.39

 

 

資料番号	改訂番号	説明	改訂日
323888-002JA	20111108	ソフトウェア・コンポーネントの変更を反映するようにインテル® Cluster Studio 2012 Linux* 版インストール・ガイドを更新。	2011 年 11 月 8 日

 

 

 

 

 

 

著作権と商標について

 

本資料に掲載されている情報は、インテル製品の概要説明を目的としたものです。本資料は、明示されているか否かにかかわらず、また禁反言によるとよらずにかかわらず、いかなる知的財産権のライセンスを許諾するものではありません。製品に付属の売買契約書『Intel's Terms and Conditions of Sale』に規定されている場合を除き、インテルはいかなる責任を負うものではなく、またインテル製品の販売や使用に関する明示または黙示の保証 (特定目的への適合性、商品適格性、あらゆる特許権、著作権、その他知的財産権の非侵害性への保証を含む) に関してもいかなる責任も負いません。
インテルによる書面での同意がない限り、インテル製品は、インテル製品の停止を起因とする人身傷害または死亡を想定して設計されていません。
インテル製品は、予告なく仕様や説明が変更される場合があります。機能または命令の一覧で「留保」または「未定義」と記されているものがありますが、その「機能が存在しない」あるいは「性質が留保付である」という状態を設計の前提にしないでください。これらの項目は、インテルが将来のために留保しているものです。インテルが将来これらの項目を定義したことにより、衝突が生じたり互換性が失われたりしても、インテルは一切責任を負いません。この情報は予告なく変更されることがあります。この情報だけに基づいて設計を最終的なものとしないでください。
本書で説明されている製品には、エラッタと呼ばれる設計上の不具合が含まれている可能性があり、公表されている仕様とは異なる動作をする場合があります。現在確認済みのエラッタについては、インテルまでお問い合わせください。
最新の仕様をご希望の場合や製品をご注文の場合は、お近くのインテルの営業所または販売代理店にお問い合わせください。
本書で紹介されている注文番号付きのドキュメントや、インテルのその他の資料を入手するには、1-800-548-4725 (アメリカ合衆国) までご連絡いただくか、インテルの Web サイトを参照してください。http://www.intel.com/design/literature.htm

 

インテル・プロセッサー・ナンバーはパフォーマンスの指標ではありません。プロセッサー・ナンバーは同一プロセッサー・ファミリー内の製品の機能を区別します。異なるプロセッサー・ファミリー間の機能の区別には用いません。詳細については、
http://www.intel.co.jp/jp/products/processor_number/

 

MPEG-1、MPEG-2、MPEG-4、H.261、H.263、H.264、MP3、DV、VC-1、MJPEG、AC3、AAC、G.711、G.722、G.722.1、G.722.2、AMRWB、Extended AMRWB (AMRWB+)、G.167、G.168、G.169、G.723.1、G.726、G.728、G.729、G.729.1、GSM AMR、GSM FR は、ISO、IEC、ITU、ETSI、3GPP およびその他の機関によって制定されている国際規格です。これらの規格の実装、または規格が有効になっているプラットフォームの利用には、Intel Corporation を含む、さまざまな機関からのライセンスが必要になる場合があります。

 

Intel、インテル、Intel ロゴ、Intel Core、Pentium、VTune、Xeon は、米国およびその他の国における Intel Corporation の商標です。

 

* その他の社名、製品名などは、一般に各社の表示、商標または登録商標です。

 

Microsoft、Windows、Visual Studio、Visual C++、Windows ロゴは、アメリカ合衆国およびその他の国における Microsoft Corporation の商標または登録商標です。

 

Java は、Oracle と関連会社の登録商標です。

 

(C) [2010]–[2011] Intel Corporation. 無断での引用、転載を禁じます。

 

 

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Linux* でのインテル® Cluster Studio のインストール・プロセスは、8 つのステップからなります。インテル® Cluster Studio 2012 パッケージは、次のコンポーネントで構成されています。

 

 

上記の表で、0xx はビルド番号 (例えば 037) を表しています。

 

注:   インテル® Cluster Studio インストーラーは、インストール・プロセスが開始されたホストシステムのインテル® プロセッサーのアーキテクチャーに基づいて、インストール・アーカイブから適切なバイナリー、スクリプト、テキストファイルを自動的に選択します。使用しているインテル® アーキテクチャーに合わせて正しいソフトウェア・コンポーネントを手動で選択する必要はありません。

 

ログインアカウントに管理者権限がなく、インストール・ディレクトリー (例えば、/opt/intel) への書き込みに管理者権限が必要な場合、クラスターシステムに関連するソフトウェア・パッケージをインストールする際に、システム管理者の協力が必要になります。

 

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2.1      Linux* でのインストール

Linux* でのインストール手順

 

1.   Linux* システムで、インテル® Cluster Studio インストーラーは次のことを行います。

 

a.   クラスターのすべてのノードにアクセス可能な 1 つのファイルサーバーにソフトウェアをインストールします。

 

b.   クラスターの各ノードにソフトウェア・コンポーネントをインストールします (分散インストール)。

 

分散インストールの場合、machines.LINUX ファイルが必要です。インテル® Cluster Studio インストーラーは、machines.LINUX ファイルを使用して、クラスターの各ノードに適切なインテル® Cluster Studio のソフトウェア・コンポーネントを配布します。machines.LINUX ファイルには、クラスターの計算ノード (例えば、ホスト名) のリストが含まれます。1 行に 1 つのホスト名を記述します。

 

hostname

 

ホスト名には、Linux コマンド “hostname” で表示される名前を使用します。8 つのノードで構成されるクラスターの machines.LINUX ファイルの例を次に示します。

 

clusternode1

clusternode2

clusternode3

clusternode4

clusternode5

clusternode6

clusternode7

clusternode8

 

行の先頭に “#” 記号が含まれている場合、その行はコメント行と見なされます。常にリストの最初のノードがマスターノードと見なされ、残りのノードは計算ノードと見なされます。例えば、clusternode1 と clusternode2 は、計算クラスターの 2 つのノードの名前を表しています。machines.LINUX ファイルの内容は、MPD (Multi-Purpose Daemon) プロトコル用の mpd.hosts ファイルの作成にも使用できます。MPD プロトコルは、インテル® MPI ライブラリーを利用する MPI アプリケーションの実行に使用されます。

 

2.   インストールに備えて、ステージング領域を作成します。インテル® Cluster Studio のソフトウェア・コンポーネントをインストールするシステムの /tmp ディレクトリーにステージング領域を作成することを推奨します。ステージング領域のパスの例を次に示します。

 

/tmp/ics_staging_area

 

ics は、インテル® Cluster Studio の頭文字です。

 

3.   インテル® Cluster Studio 2012 の登録時に、製品のシリアル番号 (例えば、C111-12345678) が送付されます。シリアル番号は、製品購入時に送付される電子メールに含まれています。インテル® ソフトウェア開発製品レジストレーション・センターのサイトで、 製品のシリアル番号を使用して製品を登録してください。レジストレーション・センターでの登録が完了すると、インテル® プレミアサポートの Web サイトにアクセスしてサポートを受けることができます。

 

4.   インテル® Cluster Studio のライセンスファイルは、INTEL_LICENSE_FILE 環境変数で示されるディレクトリーに配置する必要があります。拡張子 ".lic" は変更しないでください。ライセンスファイルの一般的な配置場所は次のとおりです。

 

<installation path>/licenses

 

licenses はサブディレクトリーです。例えば、インテル® Cluster Studio ソフトウェアをインストールするクラスターシステムで、インテル® ソフトウェア製品のすべてのライセンスは次の場所に配置されます。

 

/opt/intel/licenses

 

インテル® Cluster Studio のインストールを行う前に、INTEL_LICENSE_FILE 環境変数にライセンスファイルが配置されるディレクトリー・パスを設定しておく必要があります。Bourne* Shell と Korn* Shell では、次の構文を使用して INTEL_LICENSE_FILE 環境変数を設定します。

 

export INTEL_LICENSE_FILE=/opt/intel/licenses

 

C Shell では、次の構文を使用します。

 

setenv INTEL_LICENSE_FILE /opt/intel/licenses

 

5.   インテル® Cluster Studio のソフトウェア・パッケージをステージング領域に配置します。

 

6.   インテル® Cluster Studio のインストーラー・パッケージは、次のような名前になります。

 

l_ics_<major>.<update>.<package_num>.tar.gz

 

<major>.<update>.<package_num> は、次のような文字列です。

 

2012.0.xxx

 

<package_num> は、037 のような文字列です。この文字列は、パッケージ番号を表します。

 

次のコマンドを入力します。

 

tar -xvzf l_ics_<major>.<update>.<package_num>.tar.gz

 

サブディレクトリー l_ics_<major>.<update>.<package_num> が作成されます。シェルコマンドでディレクトリーを変更します。

 

cd l_ics_<major>.<update>.<package_num>

 

例えば、インストール・パッケージが l_ics_2012.0.037.tar.gz の場合、作成したステージング領域で、次のコマンドを入力します。

 

tar -xvzf l_ics_2012.0.037.tar.gz

 

サブディレクトリー l_ics_2012.0.037 が作成されます。シェルコマンドでディレクトリーを変更します。

 

cd l_ics_2012.0.037

 

上記のステップ 1 で説明した machines.LINUX ファイルが、このディレクトリーに含まれていることを確認します。含まれていない場合、このファイルのディレクトリー・パスを知っておく必要があります。

 

7.   ステージング領域の l_ics_<major>.<update>.<package_num> ディレクトリーで、expect シェル・スクリプト・ファイル “sshconnectivity.exp” を使用して、クラスターシステムでセキュアシェル接続を確立します。expect は、対話型のアプリケーションを自動化するツールです。“sshconnectivity.exp” を実行するには、Linux* システムに expect ランタイム・ソフトウェアがインストールされている必要があります。expect ランタイム・ソフトウェアが正しくインストールされていることを確認するには、次のコマンドを入力します。

 

which expect

 

“Command not found.” エラーメッセージが表示される場合、次の URL から expect ソフトウェア・パッケージをダウンロードします。

 

http://expect.nist.gov/

 

“sshconnectivity.exp” コマンドの構文は次のとおりです。

 

./sshconnectivity.exp machines.LINUX

 

この expect シェルスクリプトは、machines.LINUX ファイルの最初にリストされているマスターノードから開始して、クラスターの各ノードに ~/.ssh ディレクトリーを作成 (または更新) します。スクリプトを開始した後、ユーザーパスワードを 2 回入力します。

 

Enter your user password:

Re-enter your user password:

 

ユーザーパスワード入力時のセキュリティーを確保するため、パスワードテキストの代わりにアスタリスクが表示されます。スクリプトが正常に終了すると、次のメッセージが表示されます。

 

...

*********************************************************************

Node count = 4

Secure shell connectivity was established on all nodes.

...

*********************************************************************

...

 

スクリプトのトランザクションは、次のファイルに記録されます。

 

/tmp/sshconnectivity.<login-name>.log

 

<login-name>は、ユーザーのログイン名です。

 

注:   シェルスクリプト sshconnectivity.exp を実行すると、ユーザーのホーム・ディレクトリーに対するグループおよびその他の “権限カテゴリー” の書き込み権限は削除されます。削除されない場合、セキュアシェルの処理のたびにパスワードを入力する必要があります。

 

上記のステップ 7 でセキュアシェル接続を確立するプロセスは、次の完全グラフ[1] (図 2.1) で表すことができます。グラフの頂点はクラスターの計算ノードを表し、2 つの頂点間の枝 (エッジ) は、2 つの計算ノードがセキュアシェル接続のために公開鍵を交換していることを表しています。セキュアシェル接続は、安全でないネットワーク上の複数のクラスターノード間に、安全かつ暗号化された通信チャンネルを提供することが目的です。

 

スクリプト sshconnectivity.exp は、適切なセキュア・シェル・ユーティリティーを呼び出して、クラスターの各ノードの秘密鍵と公開鍵を生成します。

 

図 2.1 – 計算クラスターのセキュアシェル接続のイラスト

 

図 2.1 の完全グラフの例で、クラスターに 1 から n のノード (頂点) があると仮定します。ノード i では、ノード 1 から i - 1 とノード i + 1 から n にノード i の公開鍵が提供されます。ノードのユーザーの公開鍵は、その計算ノードのユーザーのホーム・ディレクトリーに関連付けられた ~/.ssh フォルダーに格納されます。図 2.1 のノード i には n - 1 個の枝があるため、ノード i の ~/.ssh フォルダーには、クラスターのほかの n - 1 個のノードから提供された n - 1 個の公開鍵が格納されます。図 2.1 の例は、合計 5 つのノードがある計算クラスターを表しています。ノードを接続している 4 つの枝は、1 つのノードが残りの計算ノードから 4 つの公開鍵を受け取っていることを示しています。また、1 つのノードから見た場合、この 4 つの枝を介して到達できる残りの計算ノードにそのノードの公開鍵を提供していることを示しています。

 

例えば、クラスターのホーム・ディレクトリーがクラスターのすべてのノードで共有されている場合、すべてのノードが同じ ~/.ssh フォルダーを使用します。図 2.1 の接続は、~/.ssh/known_hosts ファイルの内容を表しています。

 

8.   システムに指定された Java* ランタイム環境パッケージがインストールされていることを確認します。Java* ランタイム環境は、次のようなディレクトリー・パスにあります。

 

/usr/java

 

システムに指定された Java* ランタイム環境ライブラリーが見つからない場合は、

 

http://www.java.com/en/download/

 

から適切なバージョンの Java* ランタイム環境をダウンロードして、システムにインストールしてください。インストールには、システム管理者の協力が必要になることがあります。

 

システムに互換性のある Java* ランタイム環境がインストールされている場合、あるいは上記の URL からダウンロードしてインストールを完了した場合は、PATH 環境変数に Java* ランタイム環境ライブラリーのディレクトリー・パスを設定します。Bourne* Shell と Korn* Shell では、次のような構文を使用して PATH 環境変数を設定します。

 

export PATH=/usr/java/jre1.5.0_22/bin:$PATH

 

C Shell では、次のような構文を使用して PATH 環境変数を設定します。

 

setenv PATH /usr/java/jre1.5.0_22/bin:$PATH

 

セキュアシェル接続が確立され、Java* ランタイム環境の検証が完了したら、図 2.2 のように install.sh コマンドを入力します。

 

 

図 2.2 – install.sh コマンドでインストール・プロセスを開始

 

 

図 2.3 – インストール・プロセスの 6 つのステップ

図 2.4 – 使用許諾契約書

図 2.5 – 使用許諾契約書の条項への同意 (accept) /拒否 (decline) の確認で「accept」と入力

 

図 2.6 – ステップ 3 – オプション 3 を選択してライセンスファイルを使用

 

図 2.7 - ステップ 3 の続き – オプション 2 を選択してライセンスファイルを使用

 

図 2.8 – ステップ 3 の続き – ライセンスファイルのディレクトリー・パスを指定

図 2.9 – ライセンスのアクティベーション完了

 

図 2.10 – ステップ 4 – オプション 2 を選択してインストール・ディレクトリーをデフォルトの /opt/intel から変更

 

図 2.11 - ステップ 4 続き – 代わりのディレクトリー・パスを指定

 

図 2.12 – ステップ 4 続き – オプション 5 を選択して現在の (例えば、マスター) ノードのみにインストールするのではなく分散インストールを行う

 

図 2.13 – ステップ 4 続き – オプション 2 を選択して分散インストールのプロセスを続行

 

図 2.14 – ステップ 4 続き – クラスターノードのリストを含むファイルのディレクトリー・パスを指定

 

図 2.15 – ステップ 4 続き – デフォルトのオプション 1 を選択して高度な設定オプションをすべて確定

 

図 2.16 – ステップ 4 続き – デフォルトのオプション 1 を選択してインストール・プロセスを開始

 

図 2.17 – ステップ 5 – インストール・プロセス

 

ステップ 5 は実際のインストール・プロセスを示しています。この後のステップ 6 でインストール・プロセスは終了です。

図 2.18 - ステップ 6 – Enter キーを押してインストーラー・セッションを終了

 

デフォルトでは、インテル® Cluster Studio のインストールのグローバル・ルート・ディレクトリーは、次のディレクトリーになります。

 

/opt/intel/ics/<major>.<update>.<package_num>

 

<major>、<minor>、<update>、<package_num> は数値です。例: 2012.0.037

 

フォルダーパス /opt/intel/ics/<major>.<update>.<package_num> には、以下のテキストファイルがあります。

 

ictvars.csh

 

ictvars.sh

および

 

icssupport.txt

 

ログインセッションで Bourne* Shell または Korn* Shell を使用している場合は、次のように入力します。

 

../ictvars.sh

 

ログインセッションで C Shell を使用している場合は、次のように入力します。

 

source ./ictvars.csh

 

パッケージ ID とパッケージの内容は、

 

icssupport.txt

 

に含まれています。カスタマーサポートにお問い合わせいただく際は、icssupport.txt の情報をご利用ください。

 

デフォルトのインストール・パスの場合、インデックス・ファイル、FAQ ファイル、入門ガイドは次のディレクトリー・パスに配置されます。

 

/opt/intel/ics/<major>.<update>.<package_num>/doc

 

<major>、<update>、<package_num> は数値です。ドキュメント・ディレクトリーのデフォルトのディレクトリー・パスは、次のようになります。

 

/opt/intel/ics/2012.0.037/doc

 

インデックス・ファイルの名前は次のとおりです。

 

Doc_Index.htm

 

インデックス・ファイルから、FAQ、リリースノート、入門ガイド、インテル® Cluster Studio チュートリアルにアクセスできます。この Web ベースのチュートリアルには、最新の情報と説明が含まれています。

 

 

注:   インテル® Cluster Studio のベータプログラムには Web ベースのチュートリアルはありません。

 

インデックス・ファイルには、インテル® C++ Compiler XE のドキュメント、インテル® デバッガーのドキュメント、インテル® Fortran Compiler XE のドキュメント、インテル® トレース・アナライザー/コレクターのドキュメント、インテル® MPI ライブラリーのドキュメント、インテル® MKL のドキュメント、インテル® MPI ベンチマークのドキュメントへのリンクも含まれています。インデックス・ファイルの内容は、次の画面 (図 2.19) のようになります。

 

 

 

 

図 2.19 – インテル® Cluster Studio のドキュメント・インデックス

 

FAQ のファイル名は次のとおりです。

 

HelpMe_FAQ.htm

 

入門ガイドのファイル名は次のとおりです。

 

Getting_Started.htm

 

デフォルトでは、リリースノートのローカルバージョンは次のディレクトリー・パスに配置されます。

 

/opt/intel/ics/<major>.<update>.<package_num>/release_notes

 

リリースノートのファイル名は次のとおりです。

 

Release_Notes.htm

 

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Linux* システムからインテル® Cluster Studio をアンインストールするには、シェルスクリプト uninstall.sh を使用します。このスクリプトは、次のフォルダー・パスにあります。

 

<Path-to-Intel-Cluster-Studio>/uninstall.sh

 

例えば、次のようになります。

 

/usr/local/opt/intel/ics/2012.0.037/uninstall.sh

 

このアンインストール・スクリプトを起動した後、 machines.LINUX ファイルの場所を指定する必要があります。

 

アンインストール・スクリプトには、コマンドライン・オプションがあります。次のように、uninstall.sh を参照するシェルコマンドを入力すると、

 

uninstall.sh --help | less

 

オプションのリストが次のように表示されます。

 

NAME

uninstall.sh - Uninstall Intel(R) Cluster Studio 2012 for Linux*.

 

SYNOPSIS

uninstall.sh [options]

 

Copyright(C) 1999-2011, Intel Corporation.All Rights Reserved.

 

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プロセッサー

 

インテル® Pentium® 4 プロセッサー、

インテル® Xeon® プロセッサー、または

インテル® Core™2 Duo プロセッサー (インテル® 64 アーキテクチャーの例)

 

注:    同種のプロセッサーを使用したホモジニアスなクラスターシステムが想定されていることに注意してください。

 

ディスク空き容量

 

20GB のディスク空き容量 (最小)

注:    インストール処理中、インストールの中間ファイルを処理するために、約 4GB の一時ディスク容量が必要になります。

 

オペレーティング・システム

 

 

S = サポート対象

 

²インテル® クラスターレディーは、Linux* クラスターのアプリケーション・プラットフォーム・アーキテクチャー標準規格を提供します。MPI アプリケーションに必要な Linux* プラットフォームをユーザーに必ず通知してください。

 

このアプリケーションは、インテル® クラスターレディーのプラットフォーム・アーキテクチャーに適合した Linux* クラスターで正しく動作することが確認されています。すべてのインテル® クラスターレディー・システムには、インテル® Cluster Checker が含まれており、このツールによって操作性、コンプライアンス、システム全体の状態が確認されています。インテル® クラスターレディー・システム上で次のコマンドを実行して、診断ログを簡単に確認できます。

$ ./opt/intel/clck/<version>/clckvars.sh

$ cluster-check --report

 

インテル® クラスターレディーとパートナー企業の詳細は、http://www.intel.com/go/cluster (英語) を参照してください。

 

メモリー

 

2GB の RAM (最小)

 

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インテルのライセンスは、インテル® Cluster Studio のソフトウェア・コンポーネントからアクセスできるように、共有リポジトリに配置する必要があります。ライセンスのディレクトリー・パスは次のようになります。

 

/opt/intel/licenses

 

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1.   インテル® デバッガーのグラフィカル環境は、Java* アプリケーションで構築されており、実行には Java* ランタイム環境 (JRE) が必要です。デバッガーは、5.0 (1.5) JRE をサポートしています。

 

配布元の手順に従って JRE をインストールします。

 

最後に、JRE のパスを設定する必要があります。

 

export PATH=<path_to_JRE_bin_DIR>:$PATH export

 

2.   環境変数を設定します。インテル® 64 アーキテクチャーの場合、~/.bashrc ファイルでは、次のような構文を使用して、環境変数を設定およびシェルスクリプトを実行します。

 

export INTEL_LICENSE_FILE=/opt/intel/licenses

./opt/intel/ics/2012.0.037/ictvars.sh

 

~/.cshrc では、次のような構文を使用します。

 

setenv INTEL_LICENSE_FILE /opt/intel/licenses

source /opt/intel/ics/2012.0.037/ictvars.csh

 

3.    Linux* の Bourne* Shell で “ictvars.sh” ファイル内で参照されるインテル® Cluster Studio の環境変数を .bashrc ファイルで設定した後、IA-32 実行ファイルを作成するには、Bourne* Shell のログインセッションで次のように入力します。

 

. ictvars.sh ia32

 

インテル® Cluster Studio の環境変数をデフォルト設定に戻し、インテル® 64 アドレス拡張で実行ファイルを作成するには、Bourne* Shell のログインセッションで次のように入力します。

 

. ictvars.sh

 

注:    環境変数を .bashrc ファイルで設定した後は、ictvars.sh のパスを省略できます。

 

Linux* の C Shell で IA-32 実行ファイルを作成するには、C Shell のログインセッションで次のように入力します。

 

source /opt/intel/ics/2012.0.037/ictvars.csh ia32

インテル® Cluster Studio の環境変数をデフォルト設定に戻し、インテル® 64 アドレス拡張で実行ファイルをビルドするには、C Shell のログインセッションで次のように入力します。

 

source /opt/intel/ics/2012.0.037/ictvars.csh

 

4.   インテル® MPI ライブラリーでインテル® デバッガーを使用する場合は、クラスターのノード名で ~/.rhosts ファイルを作成または更新します。~/.rhosts ファイルにノード名を指定する場合は、次の構文を使用します。

 

<シェルコマンド hostname で表示されたホスト名> <ユーザー名>

 

chmod コマンドを使用して、~/.rhosts ファイルのパーミッション設定を 600 に設定する必要があります。シェルコマンドは次のようになります。

 

chmod 600 ~/.rhosts

 

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